慢性结肠炎、肠易激综合征的病程较长，因此治疗起来比较困难。
        西医对此病主要运用抗生素进行消炎止痛，抗感染治疗。
       根据中医整体观念，可以针对不同病因，多角度进行治疗，发挥中医辨证论治的优势，因而疗效显著。由于本病具有虚实夹杂、寒热错杂的特点，调理病人的肝肾脾胃，增强人的体质，以此达到机体抗病毒的目的。可以相应选用“益肾厚肠汤”，方中吴茱萸汤、肉桂温中止泻，黄连、黄柏清热消炎，赤石脂、五倍子涩肠固脱，对慢性腹泻标本兼治，起到涩肠止泻的功效。
        另外，慢性腹泻应早做钡灌肠或结肠镜检查，以防病生它变。